Статистикийн хуульд заасны дагуу Аж ахуйн нэгжийн тооллогыг 2016 оны 4 дүгээр сарын 1-ний өдрөөс эхлэн 2016 оны 5 дугаар сарын 1-ний өдрийн хооронд багтаан явуулахаар шийдвэрлэлээ. Тооллогыг удирдан зохион байгуулж, тооллогын дүнг 2016 оны 11 дүгээр сард багтаан Засгийн газарт танилцуулахыг Хууль зүйн сайд Д.Дорлигжавт, тооллогын холбогдох үзүүлэлтүүдийг аж ахуйн нэгжүүдийн татварын тайлангийн нэгтгэлд тусган, мэдээлэл харилцан солилцоход дэмжлэг үзүүлж ажиллахыг Сангийн сайд Б.Болорт тус тус даалгасан байна. Мөн аж ахуйн нэгжийн тооллогод өөрийн нутаг дэвсгэрт оршин байгаа аж ахуйн нэгж, байгууллагыг бүрэн хамруулах талаар зохион байгуулалтын арга хэмжээ авч ажиллахыг бүх шатны Засаг дарга нарт үүрэг болголоо.

Аж ахуйн нэгжийн тооллогыг 1991 оноос эхлэн 1994, 1998, 2006, 2011 онуудад Үндэсний статистикийн хорооноос улс орон даяар улсын төсвийн санхүүжилтээр явуулж, үр дүнг нэгтгэн гаргаж ирсэн юм. Энэ удаагийн тооллогыг аж ахуйн нэгж, байгууллагын тоог бодитой гаргах, аж ахуйн нэгж, байгууллагын талаар дэлгэрэнгүй мэдээллийн нэгдсэн сан бүрдүүлж статистикийн мэдээлэлд бүрэн хамруулах, тэдний эрхэлж байгаа үйл ажиллагааны чиглэл, байршил, улс орны эдийн засгийн хөгжилд оруулах хувь нэмрийг тодорхойлох, эдийн засаг-статистикийн судалгаа, түүвэр ажиглалтын хамрах хүрээг бүрэн тогтоох зорилгоор явуулна.

Тооллогыг технологийн хувьд бүртгэлд суурилсан аргыг голчилж, уламжлалт аргыг хослуулан явуулна. Уламжлалт аргаар явуулахад 790 гэрээт ажилтан оролцох бөгөөд аймаг, нийслэл, сум, дүүрэгт ажлын хэсэг байгуулагдан ажиллахаар тооцоолжээ.